二手车5万过户费的计算方式是根据车辆的估价和成交价格来确定的。一般情况下,二手车5万过户费按照成交价格的千分之五来计算。但是,这种计算方式需要评估机构对车辆的情况和市场行情作出鉴定,给出一个估价。如果车辆最后的成交价格高于所给出的估价,那么就按照成交价格的千分之五作为过户费;如果成交价格低于估价,那么就按估价的千分之五作为过户费。除了过户费外,二手车过户交易还涉及到增值税、购置税等税项。不同城市的二手车过户费用也有所不同。例如,广东、深圳的二手车过户费用包括车牌100元、过户费260元,其它费用加起来在500元左右;而上海的过户费用一般在700-850元之间;四川为260元;浙江在350-1000元之间;安徽的过户费用为100元。需要注意的是,二手车过户过程中,商家是必须要交税的,而买家在某些情况下也需要交税。因此,二手车过户交易税收费标准是因地区而异的,需要具体了解当地的相关政策。