修武县水资源丰富，河流泉瀑众多。平原河流主要有大沙河、大狮涝河、新河、蒋沟等，山区主要有山门河、纸坊沟河、清水河等季节性自然河流，其中流域面积在100平方公里以上的河流有6条。此外，还有总干渠、东干渠、西干渠、三道河、引黄一干渠等人工渠道和河流。
位于北部山区的世界地质公园云台山风景名胜区内瀑布遍布，比较著名的有落差314米的华夏第一高瀑“云台天瀑”、落差180米的天门瀑布和落差60米的黑龙潭瀑布。另外景区内还有总库容1038万立方米的马鞍石水库（又名子房湖）。修武县现存较大泉源主要有：马坊泉、大泊泉、小泊泉、明月泉等。据勘查，修武县多年平均水资源总量为14937万立方米，其中地下水可开采量为9540万立方米。 修武县植物资源丰富，共有高等维管束植物1440余种，隶属于159科685属，占河南省植物总数的50%。乔木树种主要有：杨、柳、榆、槐、椿、泡桐、侧柏、油松等；灌木树种主要有山皂角、荆、紫穗槐等；经济林树种主要有苹果、梨、桃、李、葡萄、核桃、山楂等。修武县大力开展植树造林活动，成功创建国家级生态示范区，已经形成了“深山20万亩生态防护林、浅山5万亩杂果经济林、平原10万亩工业原料林，城区乡镇5万亩绿地”的生态绿化发展格局。
修武县有林地面积达11545公顷，山区森林覆盖率达55.2%，县城城区绿化覆盖率达38.1%。修武县有各种野生动物697种，其中兽类34种，鸟类140种，两栖爬行类动物动物8种，软体动物30种，昆虫资源485种。列入国家一级保护动物有金钱豹，二级保护动物有猕猴等。列入国家重点保护的鸟类有25种，其中一级保护4种、二级保护21种。粮食作物主要有小麦、大麦、玉米、稻子、谷子等；经济作物主要有花生、棉花、大豆、油菜、芝麻、西瓜等；蔬菜作物主要有白菜、萝卜、菠菜、芹菜、茄子、西红柿、南瓜、黄瓜、辣椒、韭菜、葱等，其中“延陵大葱”古为贡品，久享盛誉。
国家森林公园云台山原始森林、次生林植被覆盖率达90%以上，是修武县生物资源最为丰富的地区。林木苍翠，山花烂漫，植物种类达100多科、1200多种，其中珍稀植物种类有红豆杉、灵芝、太行花等数十种。乔木主要有：油松、侧柏、栓皮栎、五角枫、榔榆、漆树、臭椿、牛筋树、白皮松、合欢、野核桃、青檀、红豆杉、山楂、山桃、柿树等； 主要灌木有：黄栌、黄荆、连翘、胡枝子、蝟实、杜鹃、绣线菊、野皂角、槐蓝等； 草本主要有羊胡子草、黄背草、白茅草、野菊花、太行花、蒿类等。
古树奇木繁多：药王洞红豆杉、凤凰岭古枫、陪嫁妆村榔榆林、交粮河古槐、返头岭寄生树、后河白皮松、平顶窑国槐等，树龄均在千年左右，至今依然枝繁叶茂，郁郁葱葱。云台山中药材蕴藏丰富，除人参、灵芝外，还有闻名国内外的“四大怀药”（地黄、菊花、山药、牛膝）及茱萸、连翘、天麻、当归、黄精、黄莲、五灵子等二百多种中药材。野生动物兽类主要有：金钱豹、猕猴、野猪、黑山羊、猪獾、狐、松鼠、野兔、灰鼠、豺、刺猬等。鸟类主要有：野鸡、猫头鹰、灰喜鹊、苍鹰、雨燕、凤头百灵、杜鹃、红嘴山鸦、乌鸦、啄木鸟等。2002年6月，在云台山子房湖内还发现了享有“水中大熊猫”称号的国家濒危野生动物——桃花水母。