基因芯片听起来很高科技,其实它的思路跟我们平时做的"批量检测"差不多。传统的基因检测一次只能查一个基因,要查几十个基因就得做几十次实验,费时费力。基因芯片把大量的DNA探针固定在一小块玻璃片或者硅片上,一次反应就能同时检测成百上千个基因,效率提升了几个数量级。
它的核心原理是核酸分子杂交。DNA是双链结构,两条链通过碱基互补配对结合在一起(A配T,G配C)。基因芯片上固定的是已知序列的单链DNA探针,待测样本里的DNA如果跟某个探针序列互补,就会结合上去。通过检测结合的位置和强度,就能知道样本里有哪些基因、表达量多少。
芯片的制作工艺跟半导体有点像。先用光刻或者喷墨打印的方法,把设计好的DNA探针按照特定的阵列排布固定在基片上。一块几平方厘米的芯片上可以排布几万甚至几十万个探针点,每个点对应一个特定的基因序列。这种高密度的排布是基因芯片能同时检测大量基因的关键。
检测过程大致分几步:先从样本里提取DNA或RNA,然后用荧光标记处理,再让标记后的样本跟芯片上的探针杂交。杂交完成后洗去未结合的部分,用扫描仪读取每个探针点的荧光强度。荧光越强,说明这个基因的表达量越高。最后通过软件分析数据,得出基因表达谱或者基因突变信息。
基因芯片的应用场景很广。在医学上,它可以用来做肿瘤分型、遗传病筛查、药物敏感性检测。比如同样是肺癌,不同患者的基因突变类型不一样,对化疗药物的反应也不同,通过基因芯片检测可以帮医生选择更合适的治疗方案,这就是现在常说的精准医疗。在农业上,基因芯片可以用来做农作物的品种鉴定和性状筛选。
不过基因芯片也有局限性。它只能检测已知的基因序列,不能发现未知的基因突变,这一点不如高通量测序灵活。而且芯片的结果容易受交叉杂交影响,特异性不是百分百准确。这些年随着测序成本下降,测序技术在很多领域开始替代基因芯片,但在已知靶点的批量检测场景里,基因芯片因为速度快、成本低,还是有它的用武之地。
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